在银狐的接应下，蝴蝶入住紧邻322所的富华公寓。检查组从罗振华、谷雨生入手，展开排查。322所主管保密工作的沈伟国书记一面向关山所长申请添置最新安防设备的经费，一边忙着给322所的工作人员做保密思想工作。
回国后的谷雨生与女友方瑶相会，方瑶的身份是322所招待所服务员。刘志军来到招待所，对招待所员工进行排查，排除方瑶的嫌疑。与此同时，检查组发现322所计算机可以使用外接设备，根据沈伟国提供的携带设备外出登记本，列出外带设备次数最多的人员名单，其中包括谷雨生、吴伦和沈伟国的儿子沈小涵。
沈小涵负责322所的网络维护，上班时间违反规定参加网上反恐精英游戏比赛，导致322所网络系统遭上不明攻击。庞剑及时赶到施展身手，帮助沈小涵渡过险关，避免了无法估计的损失。沈伟国对自己儿子失望之极。
被蝴蝶安装了数据发射器的高端服务器运进了322所。这台服务器，将对星讯六号通讯卫星进行最后轨道数据演算。这一切，尽在富华公寓蝴蝶的监视之下。
密战第4集剧情介绍高端服务器运进322所，研发工作进入了紧锣密鼓的状态。富华公寓内，蝴蝶已连接好数据接收设备，时刻准备接收从322所发射出的数据。一个中继转换器被放置在322所隐蔽的角落里。只要服务器一启动，数据便自动传输到蝴蝶的电脑上。
为了通过职称评定，吴伦将自己发表的三篇关于卫星流体回路技术的动态热仿真的学术论文拿给沈伟国和罗教授看。沈伟国发现吴伦的论文中有涉密嫌疑，通报罗教授。经证实，吴伦的论文中的确存在重大泄密隐患，而且涉及到研发中的星讯六号。
沈伟国将此事向武梅做了汇报，找吴伦谈话。吴伦对此不以为然，认为是有人在他的职称评定道路上故意使绊儿。武梅告之问题的严重性之后，吴伦才醒悟自己的泄密行为，后悔莫及。由于网络遭受攻击的事件，沈伟国坚持要处罚沈小涵，调他去硬件管理部门工作。
这引起了沈小涵的抵制，父子俩发生激烈争执。沈小涵透露了要辞职的念头。在看了一系列在我国曾经发生的学术泄密事件的内部资料后，吴伦认识到自己的无意争功之举却泄露了国家秘密，后悔不已。武梅协调保密局，将载有泄密学术文章的印刷品送往涉密载体销毁中心进行集中销毁。
负责服务器检修的工程师戴昕，在检修过程中，不慎烧坏服务器的电源。戴昕按照说明书修复好了服务器，却发现多了一个可疑元件。
慌乱不已的戴昕，向好友杨登求助。沈伟国觉察到戴昕的异常举动，了解了戴昕检修服务器的情况。检查组迅速对服务器进行查验。
