1997年底，原拟再为亚视拍《僵尸道长Ⅲ》，但当时被告知已患上肝癌，使拍摄终止，并成为他的遗愿。因拍片过于劳累，且因林正英平日喜爱小酌二杯，此双重因素影响下，引致肝癌。
而他一生没拍过爱情文艺片，亦成为他最遗憾的事。他所参与的最后一部电视剧是与徐锦江、刘松仁共同拍摄的"一枝花和尚"(新水浒传)，在剧中他饰演威风凛凛的白英奇元帅。
1997年11月08日，林正英在圣德勒撒医院与世长辞，终年45岁。女朋友苑琼丹当时亦陪伴在旁。林正英的大殡仪式于早上在庄严的宝福纪念馆举行。当蔗棺醉灵的刹那，林正英的小儿子扑前抱棺哭叫，声声哭叫：“爸爸不要走呀!”。此情此景无不令人心酸。
许多圈中人相继到达，包括罗家英、曾志伟、苑琼丹、孟海、午马、钱嘉乐、钱小豪等等。他的红粉知己苑琼丹双眼红肿，一直强忍泪水，当诵经告别仪式开始之时，她也穿上黑袍为好友诵经送别，念到伤心之处，也禁不住低声饮泣。
当瞻仰遗容及灵棺之后，苑琼丹随即上前向林正英的遗像鞠躬道别，并未跟随前往火葬场。若是从灵异方面来说，忘了是英叔的哪个鬼片了，说是拍的时候出了灵异事件，死了一个人，然后拍这个的演员都相续去世，都没有活过五十岁。
